本濕地位於鹽水溪出海口，北側毗鄰四草濕地A2區，自鹽水溪大排北堤起，南至安平堤防止，東以省道台17線及大港觀海橋為界，西側海域至等深線6公尺處。面積總計635公頃。 近幾年，中白鷺在台灣西南沿海地區繁殖，並建立新的族群；台南市鹽水溪口的紅樹林區，也發現大白鷺及中白鷺有營巢的現象。另外，台灣博物館學刊第58卷曾報導在此溪口採集到台灣花瓣蛤為一雙殼綱的新種。 其內之生態資源有，瀕臨絕種的種類：東方白鸛、黑面琵鷺；珍貴稀有的種類：澤鵟、魚鷹、紅隼、小燕鷗、畫眉；應予保育的種類：紅尾伯勞、禾葉芋蘭。
