紅樹林是指生長在海河交界的耐鹽性植物。目前台灣現存的紅樹林只有四種：水筆仔、欖李、海茄苳及五梨跤。從台南市沿海北起八掌溪口，南至曾文溪口，海岸地區風浪較小，浮洲、湖、河口沼澤地特多，泥沙在河口沿海淤積，成為紅樹林落腳繁衍的好地方。分別分布在北門區生長於急水溪口的淺沼泥地，樹種為海茄苳、水筆仔；將軍區生長於將軍溪口，樹種為水筆仔、海茄苳；七股區生長於海寮港及海埔地魚塭內路溝岸曾文溪口粘沼泥地，散生五公頃海茄苳、欖李等。紅樹林內蘊藏大量的礦物質和有機物，是彈塗魚、招潮蟹的天堂。市府每年仍將繼續以人工復育方式，栽植紅樹林，期能讓國寶級的紅樹林，為南市沿海地區營造最自然的生態環境。
